在一个电闪雷鸣的日子里，身陷囹圄的一只耳成功越狱，引起黑猫警长的高度重视。次日一早，崇拜黑猫警长的小猪三嘟被伙伴大壮拉走，偷偷进入了即将开幕的翡翠之星博物馆。博物馆的前身是一座宇宙飞船，六十年前由羊山博士亲手开发。正当他们玩得不亦乐乎的时候，两个小家伙突然看见了鬼鬼祟祟的一只耳以及一个身材魁梧穷凶极恶的邪恶之人。这个家伙声称曾遭羊山博士背叛，当得知羊山博士已经去世的消息，他一腔怒火无处宣泄。狡猾的一只耳怂恿对方将复仇对象转移到全城人们，等后天博物馆开幕之际将市民全部绑架。三嘟趁乱夺走了一只耳手中的能量块，而黑猫警长即将面临前所未有的大挑战……
一起连环凶杀案吸引了警长索恩（大卫·莫瑞瑟DavidMorrissey饰）的注意，这位穷凶极恶的凶手手中已经有了三条人命，然而，第四名受害者却侥幸逃过一死。警方和民众都认为这是凶手的百密一疏造就的结果。然而，可怕的是，没过多久，索恩就发现，犯错的不是凶手，而恰恰是自己，因为尽管保住了一命，但这位幸存者却无法提供任何情报。几起在同一时间、使用同一手法在两个不同地点作案的谋杀案让警长索恩十分警觉，随着时间的推移，迷雾渐渐拨开，他发现，自己所要面对的并非仅仅一名嗜血残暴的杀人魔王，而是两个在暗地里相互勾结、相互鼓励的反社会分子。
大森林里，小动物们友好相处，互帮互助，过着幸福安宁的生活，而为这片和平充当保护者，就是大名鼎鼎的黑猫警长。每天，警长都和森林警察局的勇士们一起巡逻，监听一切可疑的声音。是的，即使是在如此美丽的大森林里，依然有心怀叵测的坏蛋和蠢蠢欲动的不良分子时刻觊觎着大森林居民的劳动果实。比如偷吃红土的懒惰三人组，席卷庄稼地的蝗虫大军，其中最最冥顽狡猾的便是搬仓鼠一只耳为首的犯罪团伙。他曾从黑猫警长的手中逃脱，却丝毫不吸取教训，从各地乃至海外找来同伙复仇。无论有多大的危险，黑猫警长也决不退缩，带领战友们一次次冲向战斗的最前线。
本片根据同名经典动画剧集剪辑而成。
