D.C.的53年之后，粉红色的樱花绽放的小岛，无数的樱花在空中飞舞,终年不绝。整个岛都覆盖在粉红的花海里,时间是冬季。 地面有厚厚的积雪,空中飘着纯白的雪花。这是一个吐出的气会变成白雾,让人不想从被窝里出来的季节。义之看着像在春天里盛开的樱花树，总感觉到有什么东西改变了，遥望着慢慢飘落的樱花，少年想着即将来临的春天，生活在樱花不会枯萎的平凡世界里的少年，拥有平空变出点心和看见他人梦境，这既不平凡也不非凡的能力，在雪花和樱花混合着纷纷飘落的冬季学院里，他和她们邂逅的时候在一名小小的魔法师用最后的魔法乞援的时候，一个快乐又温馨的故事就要开始了。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。 梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
在不久的将来，随着地球上的冲突不断地爆发，国际空间站上的紧张局势也在加剧。令人震惊的是，美国和俄罗斯宇航员都收到了来自地面的命令：采取任何必要手段控制空间站。
